Soyaniquilpan de Juárez se encuentra situado al norte del estado de México entre los 19°59'21" y 20°07'10" latitud norte; 99º26'10" a 99º35'08" de longitud oeste.
Está ubicado a una altura de 2,400 metros sobre el nivel del mar. Limita al norte con el municipio de Jilotepec y el estado de Hidalgo; al sur y poniente con el municipio de Jilotepec y al oriente con el Estado de Hidalgo.
El municipio cuenta con una superficie de 128.80 kilómetros cuadrados, que equivale al 0.65% de la extensión territorial de la entidad.
El municipio se localiza por dos grupos de cerros, al este se ubican los de San Agustín y San Francisco, con una altura de 350 y 400 metros de altura respectivamente; al oeste el de Los Caballos, con una altura de 400 metros sobre el nivel del mar.
Existe un arroyo de caudal permanente llamado Arroyo Rosas, que se alimenta de los manantiales Ojo de Agua, El Quelite y El Capulín, que desemboca en la presa Endó de Tula, Hidalgo. También hay arroyos de época de lluvias: El Arroyo Mexicaltongo, Saucillo, El Payé, El Muite, Tinaja, El Salto, Chuparrosa, Arroyo Grande, Arroyo Chiquito y El Tecolote.
Los manantiales del municipio de Soyaniquilpan son: Ojo de Agua, El Capulín, Mexicaltongo, El Quelite y El Tepozán.
Entre las presas se pueden mencionar la Goleta, San Miguel Arco, Macua, La Tinaja, Julián Villagrán; bordos importantes como San Bartolo y el Bathé. Cuenta con los canales de riego de San Antonio y el de Guadalupe. Existen dos pozos de agua potable que satisfacen a la población de Soyaniquilpan que son: El Fresno y Héroes de Carranza.
El tipo de clima es templado subhúmedo, con verano fresco y lluvioso, con poca oscilación térmica. Entre abril y junio se registra un promedio de 38ºC de temperatura, en tanto que en diciembre y enero, los más fríos y secos del año, se presenta de -3°C. La temperatura media anual es de 15°C.
La riqueza natural más sobresaliente en el municipio se encuentra en sus manantiales y árboles, de estos últimos destacan: el cedro, eucalipto, pino y fresno.
Las tierras que están en la jurisdicción de Soyaniquilpan presentan las siguientes características: ligeramente ácido; pobre en nitrógeno, fósforo, potasio, calcio; su textura se clasifica como arcillo-arenoso; son útiles para la práctica agrícola.
La vegetación es fundamentalmente boscosa: con pinos, encinos y roble en las partes altas, pastizales en las partes planas.
Las especies que aún existen son: el conejo, liebre, zorrillo, tlacuache, armadillo, ardilla, víbora de cascabel, culebra, lagartija de collar, lagartija común, codorniz, correcaminos, guajolote, búho, chupamirto, tordo, pájaro carpintero, gorrión, cenzontle, pato silvestre, paloma, gavilán, ganga, golondrina, araña capulina, etc.